Mide öz suyu içerisinde bulunan pepsinojen, hidroklorik asitle aktifleşerek pepsine (aktif enzim) dönüşür. Pepsin proteinlerdeki belirli amino asitlere komşu olan bağları hidroliz eder. Böylece proteinler kısmen sindirilir ve küçük polipeptitler (pepton) oluşur.