Medreseler, kurulan vakıflar sayesinde tüm ihtiyaçlarını ve giderlerini karşılamıştır. Medreselerin asıl gelir kaynağı vakıflar olmakla birlikte, ihtiyaç duyulması halinde devlet hazinesinden yardım yapılmış, bazen de sultanlar bizzat para desteği sağlamışlardır.