1971 yılındaki Türkiye'deki tüm özel yüksekokulların devlet denetimine girmesi ile ilgili karar neticesinde, bu değişikliğe razı olmayan Fener Rum Patrikhanesinin karşı tutumu nedeniyle okulda teoloji eğitimi kaldırılır, okul yalnız lise düzeyinde eğitim vermeye devam eder.