Irak Savaşı'nda Amerika'ya destek olması için 1 Mart tezkeresi'ni meclisten geçiremediği ve Yüce Seçilmişler'e inanmadığı gerekçesiyle 3 Mart 2005'te Sultanahmet'teki Mabet'te arkasından kılıç saplanmak suretiyle öldürülmüştür. Karahanlı'nın ölümü, Üzeyir Garih cinayetine fazlasıyla benzemektedir.