Biyokütlenin tek dezavantajı fosil yakıtlara oranda kullanıldığında daha az enerji verir. Fosil yakıt kaynakları kullanılarak yapılan enerji üretiminin çevreye zarar verdiği bilinmektedir. Artık kullanılacak olan herhangi bir enerji kaynağı çevre etkisi ile birlikte değerlendirilmektedir.