Denitrifiye edici bakteriler çoğunlukla heterotrof olup, kompleks organik maddeleri oksitlenebilir substrat olarak kullanırlar. Ancak bazı denitrifikasyon bakterileri ise ototrofturlar ve H2, CO2 ya da kükürt bileşiklerini enerji kaynağı olarak kullanırlar [11,21].