Uygurlar tarih boyunca farklı dinî inançlar benimsemiştir. 8. yüzyıl Bögü Kağan zamanında Maniheizm, Uygur Kağanlığı'nın resmî dini oldu. Maniheizmin dışında Uygurlar tarihî olarak Budizm ve Nestûrî Hristiyanlığına da inanmıştır. Günümüzdeki Uygurların çoğu, Hanefi mezhebine bağlı Sünni Müslümanlarıdır.