Sitrik asit üretimi doğal kaynaklardan izolasyon, biyokimyasal sentez veya mikrobiyel fermantasyon yöntemleriyle yapılmaktadır. Sitrik asit üretim miktarının %99'undan fazlası Aspergillus niger ve Yarrowia lipolytica mikroorganizmaları kullanılarak mikrobiyel fermantasyon ile gerçekleştirilmektedir.