Alerjik hastalıklar, eksternal (dış kaynaklı) bir antijene (alerjen) verilen aşırı immün yanıt sonucu oluşurlar. Otoimmün hastalıklar ise genel olarak internal (iç kaynaklı) bir antijene karşı oluşur. Otoimmün hastalıkta antijenin eksternal uygulanması ile de meydana gelebilir.