Bağışıklık sistemi, tiroide saldırır. Bu duruma otoimmunite denir. Otoimmun hastalıkların sebebi belli değildir, duruma göre alevlenmeler, ataklar ve yatışmalar olabilir. Organ hasarlanması olursa duruma göre ilaç tedavisi düzenlenebilir örneğin tiroid için tiroid hormonu vermek gibi.