Hipotiroidi ömür boyu tedavi edilmesi gereken bir hastalıktır. Çok nadir olarak 'Hashimoto tiroiditi' olan hastalarda % 10-20 oranında kendiliğinden düzelme olabilir. Hipotiroidi tedavisi kanda eksik olan tiroid hormonlarının normale gelmesi için tiroid hormon tabletleri verilerek yapılır.