Metanojenlerin habitatlarına örnekler şunlar olabilir: Oksijensiz çökeltiler: bataklıklar ve göllerin dipleri gibi... Hayvanların sindirim yolu: İnek, deve gibi geviş getirenlerin mideleri, insanın kalın bağırsağı ya da termitlerin arka bağırsağı gibi...