Adenin-timin arasında iki, guanin-sitozin arasında ise üç hidrojen bağı vardır. Bu nedenle guanin-sitozin arasındaki bağ adenin-timin arasındaki bağdan daha kuvvetlidir. Çünkü bir hidrojen bağı daha fazladır. Böylece adenin-sitozin ve guanin-timin birleşmesi de engellenmiş olur.