Filogenetik analizde DNA ya da protein dizileri kullanılarak genom benzerlikleri bulunur. Bu dizilere ait bilginin özetlenmesi ve görsel olarak anlaşılabilmesi için filogenetik ağaçlar oluşturulur ve kullanılır. Bu ağaçlar genellikle, oldukça karmaşık metotlar ile elde edilirler.