Pepsin, ticari olarak küçükbaş hayvanların midelerinden elde edilir. Peynir üretiminde sütün kesilmesini sağlamak amacıyla kullanılır. Ham pepsin, deri sanayiinde derilerin üzerindeki tüyleri yok etmede ve dabağlamadan sonra çıkmayan inatçı artıkları yok etmede kullanılır.