Ziehl-Neelsen Boyama İlk boya olan karbol fuksin ile 4-5 dk. süreyle –alttan ısıtılarak- boyanır. Bu sırada preparatın yanmamasına ve boyanın kaynamamasına dikkat edilir. Üzerinden buhar çıkabilir. Su ile yıkanır ve ikinci boya olan Metilen mavisi preparat üzerine damlatılıp yayılır.