Hematoksilen koyu mavi-mor renklidir ve nükleik asitleri halen tam olarak anlaşılamamış bir reaksiyonla boyar. Eozin pembedir ve non-spesifik bir şekilde proteinleri boyar. Tipik bir dokuda çekirdekler mavi-siyah renkte, sitoplazma ve hücre dışı madde pembenin farklı tonlarında boyanır.