Tüm ökaryötik DNA hücrelerin çekirdek DNA'sı bir membranla sarılı çekirdeğin içinde, iki yada daha fazla kromozoma yayılmış olarak bulunur. Her bir kromozomun tek, doğrusal ikili sarmallı DNA molekülü içerdiği bilinmektedir. Bazı ökaryot hücreler (maya ve bazı bitkiler) aynı zamanda plazmid DNA'lara da sahiptir.