Zeki Velidi Togan, 1939 yılında milli eğitim bakanının daveti üzerine yeniden Türkiye'ye geldi ve İstanbul Üniversitesi'nde Umumi Türk Tarihi Kürsüsü'nü kurdu. 1944 senesinde de Türkiye'de Sovyetler aleyhine faaliyetler yürüttüğü gerekçesiyle tutuklanarak mahkemeye verildi.