1932 yılında I. Türk Tarih Kongresi'nde tıp doktoru Reşit Galip'in sunduğu ''Orta Asya'da iç deniz olduğu ve bunun sonradan kuruduğu'' konusu hakkındaki sunumunu eleştirdi. Togan aleyhine bir kamuoyu oluştu. Kendisine karşı ortaya çıkan kötü tutum üzerine 8 Temmuz 1932 tarihinde istifa ederek Viyana'ya gitti.