Günümüzde su kaynaklarının işletme ve yönetimi en az planlama aşaması kadar özen gerektirmektedir. Su kaynaklarının yönetimi havza bazında ve diğer doğal kaynaklarla birlikte değerlendirilmelidir. Bu tür yönetim entegre havza yönetimi olarak isimlendirilmektedir.