Kimyasal gübreler toprakla temas ettiği andan itibaren toprakta bulunan organizmaların çalışmasını olumsuz etkiler. Toprağın zamanla pH değerinde düşüşe sebep olur. Topraktaki reaksiyonlar sonucu mikroorganizmal denge bozulur. Yapısı bozulan toprakta bitki ve böcek atıkları eskisi gibi parçalanamaz.