Uzmanlara göre, boyutları itibariyle Boğaz'da olduğu gibi Kanal içerisinde iki yönlü bir akıntı sistemi geliştirilemeyecek ve Karadeniz'in kirli suları Marmara'ya dolacaktır. Marmara Denizi'nde bol besinli üst tabaka can çekişen alt tabakaya baskı yapacak ve oksijen hızla azalacaktır.